Từ cuối thế kỉ XV đến đầu thế kỉ XVI, ruộng đất ngày càng tập trung vào tay tầng lớp địa chủ, quan lại. Nhà nước không quan tâm đến sản xuất như trước. Mất mùa, đói kém xảy ra liên miên. Cuộc sống của nông dân trở nên khổ cực, họ đã nổi dậy đấu tranh.
Nông nghiệp một thời bị tàn phá do chiến tranh, từ nửa sau thế kỉ XVII mới dần dần ổn định trở lại.
ở Đàng Ngoài, nhân dân tiếp tục khai hoang mở rộng diện tích đất canh tác, ở Đàng Trong, các chúa Nguyễn khuyến khích nhân dân khai phá đất hoang, nhanh chóng mở rộng ruộng đồng. Diện tích ruộng đất cả nước tăng lên nhanh chóng. Nhân dân hai miền ra sức tăng gia sản xuất, bồi đắp đê đập, nạo vét mương máng. Không dừng lại ở các giống lúa cũ, nhân dân còn tìm cách nhân giống, tạo ra hàng chục giống lúa tẻ, lúa nếp vừa giúp cho bữa ăn thêm ngon, vừa cung cấp thóc gạo cho thị trường. Họ cũng trồng thêm khoai, sắn, ngô, đậu, dâu. bông, mía, đay…. Kinh nghiệm “nước, phân, cần, giống” được đúc kết thông qua thực tế sản xuất. Đặc biệt ở đất Nam Bộ, do đất đai, thời tiết thuận lợi, nhân dân đã sản xuất được nhiều thóc gạo phục vụ thị trường, nâng cao đời sống. Nghề trồng vườn với nhiều loại cây ăn quả ngon như dừa, xoài, dứa… khá phát triển. Đây cũng đồng thời là giai đoạn gia tăng tình trạng tập trung ruộng đất vào tay giai cấp địa chủ phong kiến.