Trong chọn giống vi sinh vật. phương pháp gây đột biến và chọn lọc đóng vai trò chủ yếu. Tuỳ thuộc vào đối tượng và mục đích chọn giống, người ta chọn lọc theo các hướng khác nhau :
- Chọn các thể đột biến tạo ra chất có hoạt tính cao :
Từ thể đột biến cho hoạt tính pênixilin cao, tạo ra bằng chiếu xạ bào tử. người ta ià tạo được chủng nấm pênixilin có hoạt tính cao hơn 200 lần dạng ban đầu.
- Chọn các thể đột biến sinh trường mạnh để tăng sinh khối ở nấm men và vi khuẩn.
- Chọn các thế đột biến giảm sức sống (yếu hơn dạng ban đầu) không còn khả lăng gây bệnh mà đóng vai trò một kháng nguvên, gây miền dịch ổn định cho vật chù chống được loại vi sinh vật đó. Trên nguyên tắc này, người ta đã tạo được các acxin phòng bệnh cho neười và gia súc.
Trong chọn giống cây trồng, người ta chú ý tới các đột biến rút ngắn thời gian sinh trưỏng cho năng suất và chất lượng cao, kháng được nhiều loại sâu bệnh, khả năng chống chịu tốt với các điều kiện bất lợi về nhiệt độ và đất đai... (xem thêm bài 37).
Người ra đã trức tiếp sử dụng các thể đột biến từ một giống tốt đang được gieo trồng trong sản xuất để nhân lên với mục đích cải tiến một vài nhược điểm của giống đó để tạo ra giống mới tốt hơn. Chẳng hạn, từ một thể đột biến không còn cảm ứng với cường độ ánh sáng yếu và thời gian chiếu sáng ngắn (cảm quang) tạo ra bằng thực nghiệm từ giống lúa tám thơm Hải Hậu, người ta đã tạo ra giống lúa tám thơm đột biến. Giống lúa này được trong vụ xuân, chịu khô hạn khá tốt, thích nghi gieo trồng trên đất cao, nghèo dinh dưỡng ở vùng trung du và miền núi nhưng vẫn giữ được mùi thơm của giống gốc. Điều đó đã góp phần khắc phục tình trạng khan hiếm gạo tám thơm trong các tháng 6-11.
Người ta còn sử dụng các thê đột biến có ưu điếm từng mặt để lai với nhau nhằm tạo ra giống mới (giống lúa A20 là kết quà lai giữa hai dòng đột biến H20 x H30).
Sử dụng các thể đa bội ở dâu tằm, dương liễu, dưa hấu... để tạo ra các giống cây trồng đa bội có năng suất cao, phẩm chất tốt.
Đối với vật nuôi, phương pháp chọn giống đột biến chi được sử dụng hạn chế với một số nhóm động vật bậc thấp, khó áp dụng với nhóm động vật bậc cao.