1. Các loại môi trường cơ bản
Vi sinh vật cần khoảng 10 nguyên tố với hàm lượng lớn để tổng hợp nên cacbohiđrat, lipit, prôtêin, axit nuclêic ... Rất nhiều nguyên tố khác với hàm lượng ít nhưng lại cần thiết để hoạt hóa các enzim ... Trong tự nhiên, vi sinh vật có mặt ở khắp nơi, trong các môi trường và điều kiện sinh thái rất đa dạng.
Trong phòng thí nghiệm, căn cứ vào các chất dinh dưỡng, môi trường nuôi cấy vi sinh vật được chia làm ba loại cơ bản : môi trường dùng chất tự nhiên (gồm các chất tự nhiên), môi trường tổng hợp (gồm các chất đã biết thành phần hóa học và số lượng) và môi trường bán tổng hợp (gồm các chất tự nhiên và các chất hóa học). Các môi trường nuôi cấy vi sinh vật có thể ở dạng đặc (có thạch) hoặc lỏng.
2. Các kiểu dinh dưỡng
Dựa vào nhu cầu của vi sinh vật về nguồn năng lượng và nguồn cacbon, người ta chia các hình thức dinh dưỡng thành 4 kiểu :
