Căn cứ vào cả nguồn năng lượng và thức ăn, người ta chia vi sinh vậil thành những loại nào ?
- Vi sinh vật quang tự dưỡng : Sử dụng ánh sáng mặt trời làm nguồn năng lượng và CO2 làm nguồn Cacbon duy nhất (Ví dụ : vi khuẩn lam, tảo đơn bào).
- Vi sinh vật quang dị dưỡng : Sử dụng năng lượng ánh sáng mặt trời làm nguồn năng lượng và các chất hữu cơ làm nguồn Cacbon (Ví dụ : vi khuẩn màu lục hoặc màu tía không chứa lưu huỳnh).
- Vi sinh vật hoá tự dưỡng : Ôxi hoá hợp chất vô cơ đơn giản để thu năng lượng và dùng CO2 làm nguồn Cacbon (Ví dụ : vi khuẩn Ôxi hoá Hiđrô).
- Vi sinh vật hoá dị dưỡng : Sử dụng chất hữu cơ vừa làm nguồn năng lượng vừa làm nguồn Cacbon (Ví dụ : nấm mốc, động vật nguyên sinh và phần lớn vi khuẩn không quang hợp).